getcanonicalhrf

 function hrf = getcanonicalhrf(duration,tr)

 <duration> is the duration of the stimulus in seconds.
   should be a multiple of 0.1 (if not, we round to the nearest 0.1).
   0 is automatically treated as 0.1.
 <tr> is the TR in seconds.

 generate a predicted HRF to a stimulus of duration <duration>, 
 with data sampled at a TR of <tr>.

 the resulting HRF is a row vector whose first point is 
 coincident with stimulus onset.  the HRF is normalized such 
 that the maximum value is one.

 the predicted HRF is generated based on experimentally observed
 HRFs from various datasets.

 history:
 2013/11/18 - use a smoother HRF (derived from fitting spm_hrf to empirically measured
              HRFs).  this ensures that the HRFs returned by this function are 
              smooth even at short stimulus durations.  note that this change does
              change previous behavior of this function!  we also round <duration>
              to the nearest 0.1 to keep things simple.

 example:
 hrf = getcanonicalhrf(4,1);
 figure; plot(0:length(hrf)-1,hrf,'ro-');

0001 function hrf = getcanonicalhrf(duration,tr)
0002 
0003 % function hrf = getcanonicalhrf(duration,tr)
0004 %
0005 % <duration> is the duration of the stimulus in seconds.
0006 %   should be a multiple of 0.1 (if not, we round to the nearest 0.1).
0007 %   0 is automatically treated as 0.1.
0008 % <tr> is the TR in seconds.
0009 %
0010 % generate a predicted HRF to a stimulus of duration <duration>,
0011 % with data sampled at a TR of <tr>.
0012 %
0013 % the resulting HRF is a row vector whose first point is
0014 % coincident with stimulus onset.  the HRF is normalized such
0015 % that the maximum value is one.
0016 %
0017 % the predicted HRF is generated based on experimentally observed
0018 % HRFs from various datasets.
0019 %
0020 % history:
0021 % 2013/11/18 - use a smoother HRF (derived from fitting spm_hrf to empirically measured
0022 %              HRFs).  this ensures that the HRFs returned by this function are
0023 %              smooth even at short stimulus durations.  note that this change does
0024 %              change previous behavior of this function!  we also round <duration>
0025 %              to the nearest 0.1 to keep things simple.
0026 %
0027 % example:
0028 % hrf = getcanonicalhrf(4,1);
0029 % figure; plot(0:length(hrf)-1,hrf,'ro-');
0030 
0031 % inputs
0032 if duration == 0
0033   duration = 0.1;
0034 end
0035 
0036 % obtain canonical response to a 0.1-s stimulus
0037 hrf = helperfunction;
0038 
0039 % convolve to get the predicted response to the desired stimulus duration
0040 trold = 0.1;
0041 hrf = conv(hrf,ones(1,max(1,round(duration/trold))));
0042 
0043 % resample to desired TR
0044 hrf = interp1((0:length(hrf)-1)*trold,hrf,0:tr:(length(hrf)-1)*trold,'pchip');
0045 
0046 % make the peak equal to one
0047 hrf = hrf / max(hrf);
0048 
0049 %%%%%
0050 
0051 function hrf = helperfunction()
0052 
0053 hrf = [0;5.34e-06;3.55e-05;0.000104;0.00022;0.000388;0.00061;0.000886;0.00122;0.00159;0.00202;0.00249;0.003;0.00354;0.00411;0.00471;0.00533;0.00596;0.0066;0.00725;0.0079;0.00855;0.0092;0.00984;0.0105;0.0111;0.0117;0.0122;0.0128;0.0133;0.0138;0.0143;0.0148;0.0152;0.0156;0.016;0.0163;0.0166;0.0169;0.0171;0.0174;0.0176;0.0177;0.0179;0.018;0.0181;0.0181;0.0181;0.0182;0.0181;0.0181;0.018;0.018;0.0178;0.0177;0.0176;0.0174;0.0173;0.0171;0.0169;0.0167;0.0164;0.0162;0.0159;0.0157;0.0154;0.0151;0.0148;0.0146;0.0143;0.014;0.0136;0.0133;0.013;0.0127;0.0124;0.0121;0.0118;0.0114;0.0111;0.0108;0.0105;0.0102;0.00985;0.00954;0.00923;0.00893;0.00862;0.00832;0.00803;0.00773;0.00744;0.00716;0.00688;0.0066;0.00633;0.00607;0.00581;0.00555;0.0053;0.00505;0.00481;0.00458;0.00435;0.00412;0.0039;0.00369;0.00348;0.00328;0.00308;0.00289;0.0027;0.00252;0.00234;0.00217;0.002;0.00184;0.00168;0.00153;0.00139;0.00124;0.00111;0.000974;0.000846;0.000722;0.000603;0.000488;0.000377;0.000271;0.000168;6.96e-05;-2.51e-05;-0.000116;-0.000203;-0.000287;-0.000367;-0.000443;-0.000516;-0.000586;-0.000653;-0.000716;-0.000777;-0.000835;-0.00089;-0.000942;-0.000991;-0.00104;-0.00108;-0.00112;-0.00116;-0.0012;-0.00123;-0.00127;-0.0013;-0.00133;-0.00135;-0.00138;-0.0014;-0.00142;-0.00144;-0.00146;-0.00147;-0.00149;-0.0015;-0.00151;-0.00152;-0.00153;-0.00154;-0.00155;-0.00155;-0.00156;-0.00156;-0.00156;-0.00156;-0.00157;-0.00156;-0.00156;-0.00156;-0.00156;-0.00155;-0.00155;-0.00154;-0.00154;-0.00153;-0.00153;-0.00152;-0.00151;-0.0015;-0.00149;-0.00148;-0.00147;-0.00146;-0.00145;-0.00144;-0.00143;-0.00142;-0.00141;-0.0014;-0.00138;-0.00137;-0.00136;-0.00135;-0.00133;-0.00132;-0.00131;-0.00129;-0.00128;-0.00127;-0.00125;-0.00124;-0.00122;-0.00121;-0.0012;-0.00118;-0.00117;-0.00115;-0.00114;-0.00113;-0.00111;-0.0011;-0.00108;-0.00107;-0.00106;-0.00104;-0.00103;-0.00101;-0.001;-0.000987;-0.000973;-0.00096;-0.000947;-0.000933;-0.00092;-0.000907;-0.000894;-0.000881;-0.000868;-0.000855;-0.000843;-0.00083;-0.000818;-0.000805;-0.000793;-0.000781;-0.000769;-0.000758;-0.000746;-0.000734;-0.000723;-0.000711;-0.0007;-0.000689;-0.000678;-0.000667;-0.000657;-0.000646;-0.000636;-0.000625;-0.000615;-0.000605;-0.000595;-0.000585;-0.000576;-0.000566;-0.000557;-0.000547;-0.000538;-0.000529;-0.00052;-0.000511;-0.000503;-0.000494;-0.000486;-0.000477;-0.000469;-0.000461;-0.000453;-0.000445;-0.000438;-0.00043;-0.000422;-0.000415;-0.000408;-0.000401;-0.000393;-0.000387;-0.00038;-0.000373;-0.000366;-0.00036;-0.000353;-0.000347;-0.000341;-0.000335;-0.000329;-0.000323;-0.000317;-0.000311;-0.000305;-0.0003;-0.000294;-0.000289;-0.000284;-0.000278;-0.000273;-0.000268;-0.000263;-0.000258;-0.000254;-0.000249;-0.000244;-0.00024;-0.000235;-0.000231;-0.000226;-0.000222;-0.000218;-0.000214;-0.00021;-0.000206;-0.000202;-0.000198;-0.000194;-0.000191;-0.000187;-0.000184;-0.00018;-0.000177;-0.000173;-0.00017;-0.000167;-0.000163;-0.00016;-0.000157;-0.000154;-0.000151;-0.000148;-0.000145;-0.000143;-0.00014;-0.000137;-0.000134;-0.000132;-0.000129;-0.000127;-0.000124;-0.000122;-0.000119;-0.000117;-0.000115;-0.000113;-0.00011;-0.000108;-0.000106;-0.000104;-0.000102;-9.99e-05;-9.79e-05;-9.6e-05;-9.41e-05;-9.22e-05;-9.04e-05;-8.86e-05;-8.68e-05;-8.51e-05;-8.34e-05;-8.17e-05;-8.01e-05;-7.85e-05;-7.69e-05;-7.54e-05;-7.39e-05;-7.24e-05;-7.09e-05;-6.95e-05;-6.81e-05;-6.67e-05;-6.54e-05;-6.4e-05;-6.28e-05;-6.15e-05;-6.02e-05;-5.9e-05;-5.78e-05;-5.66e-05;-5.55e-05;-5.44e-05;-5.33e-05;-5.22e-05;-5.11e-05;-5.01e-05;-4.9e-05;-4.8e-05;-4.71e-05;-4.61e-05;-4.52e-05;-4.42e-05;-4.33e-05;-4.24e-05;-4.16e-05;-4.07e-05;-3.99e-05;-3.91e-05;-3.82e-05;-3.75e-05;-3.67e-05;-3.59e-05;-3.52e-05;-3.45e-05;-3.37e-05;-3.3e-05;-3.24e-05;-3.17e-05;-3.1e-05;-3.04e-05;-2.98e-05;-2.91e-05;-2.85e-05;-2.79e-05;-2.74e-05;-2.68e-05;-2.62e-05;-2.57e-05;-2.51e-05;-2.46e-05;-2.41e-05;-2.36e-05;-2.31e-05;-2.26e-05;-2.21e-05;-2.17e-05;-2.12e-05;-2.08e-05;-2.03e-05;-1.99e-05;-1.95e-05;-1.91e-05;-1.87e-05;-1.83e-05;-1.79e-05;-1.75e-05;-1.72e-05;-1.68e-05;-1.64e-05;-1.61e-05;-1.58e-05;-1.54e-05;-1.51e-05;-1.48e-05;-1.45e-05;-1.42e-05;-1.38e-05;-1.36e-05;-1.33e-05;-1.3e-05;-1.27e-05;-1.24e-05;-1.22e-05;-1.19e-05;-1.17e-05;-1.14e-05;-1.12e-05;-1.09e-05;-1.07e-05;-1.05e-05;-1.02e-05;-1e-05;-9.81e-06;-9.6e-06;-9.39e-06;-9.19e-06;-8.99e-06;-8.8e-06;-8.61e-06;-8.43e-06;-8.25e-06;-8.07e-06;-7.89e-06;-7.72e-06;-7.56e-06;-7.39e-06;-7.24e-06;-7.08e-06;-6.93e-06;-6.78e-06;-6.63e-06;-6.49e-06;-6.35e-06;-6.21e-06;-6.08e-06]';